Neisseria meningitidis alberga nelle alte vie respiratorie (naso e gola) di portatori sani e asintomatici. In una modesta quota di portatori (meno dell’1%), il batterio può superare la mucosa respiratoria e fa il suo ingresso in circolo. In circa il 50% dei casi di batteriemia si verifica anche il superamento della barriera ematoencefalica che dà luogo alla meningite.
L’uomo è l’unico serbatoio naturale dell’infezione e il meningococco non può resistere al di fuori dell’organismo, data la sua notevole labilità.